PCR技術是什么

發(fā)布日期:2024-08-12 17:13:39   瀏覽量 :108
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一、PCR是什么

聚合酶鏈式反應是一種用于放大擴增特定的DNA(或RNA)片段的分子生物學技術,它可看作是生物體外的特殊DNA復制,PCR的最大特點,是能將微量的DNA大幅增加。因此,無論是化石中的古生物、歷史人物的殘骸,還是幾十年前兇殺案中兇手所遺留的毛發(fā)、皮膚或血液,只要能分離出一丁點的DNA,就能用PCR加以放大,進行比對。這也是“微量證據”的威力之所在。

PCR(聚合酶鏈式反應)是利用DNA在體外攝氏95°高溫時變性會變成單鏈,低溫(經常是60°C左右)時引物與單鏈按堿基互補配對的原則結合,再調溫度至DNA聚合酶最適反應溫度(72°C左右),DNA聚合酶沿著磷酸到五碳糖(5'-3')的方向合成互補鏈。基于聚合酶制造的PCR儀實際就是一個溫控設備,能在變性溫度,復性溫度,延伸溫度之間很好地進行控制。

二、PCR原理

基本反應原理

從專業(yè)的角度來說,PCR 由變性--退火--延伸三個基本反應步驟構成:

1模板 DNA 的變性:模板 DNA 經加熱至 94℃ 左右一定時間后,使模板 DNA 雙鏈或經 PCR 擴增形成的雙鏈 DNA 解離,使之成為單鏈,以便它與引物結合,為下輪反應做準備;

2模板 DNA 與引物的退火 (復性):模板 DNA 經加熱變性成單鏈后,溫度降至 55℃ 左右,引物與模板 DNA 單鏈的互補序列配對結合;

3引物的延伸:DNA 模板--引物結合物在 Taq 酶的作用下,以 dNTP 為反應原料,靶序列為模板,按堿基配對與半保留復制原理,合成一條新的與模板 DNA 鏈互補的半保留復制鏈。

重復循環(huán)變性--退火--延伸三過程,就可獲得更多的「半保留復制鏈」,而且這種新鏈又可成為下次循環(huán)的模板。每完成一個循環(huán)需 2~4 分鐘, 2~3 小時就能將待擴目的基因擴增放大幾百萬倍。

三、PCR的基本反應步驟

1.引物的設計:

引物需要自己查找文獻或者自己設計,然后交給合適的生物公司來幫我們合成,合成引物,每管裝1OD。拿到引物后需要加水溶解,但是因為引物是看不見的,所以為了防止溶解過程中引物的丟失,拿到引物后最好先高速離心(10000rpm, 4°C離心2min)再進行加水溶解(ddH2O)。水的體積按引物濃度稀釋100倍,溶解好的引物用小管分裝,每管裝50μl即可,分裝后放-20°C保存。

2.制作模板:

模板的制作可以直接借助試劑盒,一般情況下Trizol的試劑可以完全滿足需要,直接按照試劑盒提示來做就可以了。

3.建立體系、上機:

PCR需要用到的DNA聚合酶、buffer、dNTPs。而經常用的DNA聚合酶有Taq酶,買的同時會附送10×buffer(主要成分是KCl、Tris-HCl和MgCl2,有些還有(NH4)2SO4)。做PCR之前要提醒大家一點,不是所有的PCR都用同樣的反應體系的,也就是說PCR體系里用到的試劑除了10×Taq Buffer以外,其它其實都是需要摸條件的,但是按大多數情況來說,需要調整的并不多,可能需要調整的主要試劑是MgCl2(其實是要調整Mg2+的濃度);可能需要控制的條件主要是退火溫度。

4.跑膠驗證:

在電泳之前,需要進行凝膠的配制,凝膠液配制的過程并不復雜,先用天平稱取適量的瓊脂糖粉末,加入到一定體積的1×TAE(Tris、乙酸、EDTA)緩沖液中,微波爐加熱至沸騰,拿出來搖勻,幫助粉末溶解,反復沸騰多次直到粉末完全溶解。待溶液不燙手,將核酸染料加入溶液中搖勻,接著將溶液趁熱倒到做膠的凝膠板上,插上梳子(用來預留加樣孔),等半小時左右膠凝固拔下梳子,連膠帶板一起放到電泳槽中,加電泳液至完全淹沒整塊凝膠(電泳槽中的電泳液也用1×TAE緩沖液)。然后將loading buffer與樣品混合,加入到凝膠小空(“梳子”形成的洞)中,DNA maker作為對照,同樣加入到篩孔中,然后插上電源開始跑膠就可以了,凝膠上有顏色的有兩條帶,等到前面的藍色帶跑到整塊膠的2/3處停止電泳(斷電),然后把膠拿出來,放到紫外光下觀察條帶。


四、常見的實驗設計問題

1、如何查找引物?

引物設計/查找非常關鍵,引物的好壞很大程度上決定了PCR實驗的成功與否,引物的序列可以從文獻中查找,找到序列以后,還是要用軟件(如Primer軟件)比對一下,堿基是不是每個都正確。

2、退火溫度如何設置?

通常情況下,可以嘗試用兩條引物中較低的Tm值減去5℃來作為退火溫度,但是這種方法有時候會不適用,在不適用的情況下可以考慮做12個退火溫度,這樣試下去,總會找到合適的退火溫度。

3、如何確定我設置的PCR的體系是正確的呢?

做PCR的時候需要同時做個內參基因(如b-actin),因為內參基因是肯定會表達的,如果內參能做出來,證明PCR體系是沒有問題的,以此來做個質控。

4、凝膠制作時需要注意些什么?

凝膠中一個需要注意的問題就是瓊脂糖的濃度,這部分參數是根據目的片段的大小選擇的,一般500bp以下選擇1.2%-1.5%(質量體積比)500bp-10kb可以選擇0.8%-1%,分子量再高的話瓊脂糖濃度就再低點,具體濃度可以摸一下條件。

五、實際的實驗過程中需要注意的問題

1、如何確定引物的濃度?

前面我們說到,引物一般交由試劑公司合成,有時候具體的濃度我們也不能確定。有些人喜歡稀釋十倍,有些人喜歡稀釋二十倍。我個人認為比較穩(wěn)妥的做法是在每次拿到反轉的 cDNA 后,先會稀釋 3 倍左右,然后利用管家基因做一次 RT-PCR,循環(huán)數一般為 25 循環(huán),鑒定一下具體濃度,再決定最后的稀釋倍數。

2、合成的引物是我們想要的引物嗎?

一般來說在拿到很多引物的時候,可以通過普通的 PCR 看看是否是單一條帶,鑒定一下引物的特異性。如果實驗室不差錢,則可以通過溶解曲線對所有的引物的特異性做一次鑒定。

3、操作過程中需要注意哪些問題?

一定要戴手套,戴手套,戴手套,重要的事情說三遍。根據經驗,少量模板的加入,容易造成加樣誤差。所以為了盡量減少加入少量模板造成的誤差,我們一般會將樣本再稀釋一倍,加樣的時候多加一倍,減少 H2O 的加入量。

4、你確定你的 PCR 板和儀器配套嗎?

如果你用的是 BIO-RAD 公司的定量 PCR 儀器,那么你一定要買配套該儀器的 qRT-PCR 板。因為不兼容的 PCR 板會導致結果偏差。這種狀況實驗小白尤其需要注意。

5、凝膠放入電泳槽有什么注意事項嗎?

凝膠放入電泳槽時一定要注意方向,核酸是帶負電的,所以電泳的方向是從負極向正極跑,因此,加樣孔一定要對著負極放置,不然樣本就跑到膠外面去了。

*以上內容來自網絡

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